Богородское кладбище расположено в Восточном административном округе г. Москвы.
Богородское кладбище получило свое название от села Богородское, расположенного на берегу реки Яузы. Первые упоминания о селе Богородском (тогда - Алымове) появились в 16 веке. В те же времена, вероятно, было основано и сельское кладбище. В следующем столетии в селе была выстроена церковь Божьей Матери (Богородицы) с часовней, что и послужило причиной к новому именованию селения.
Кладбище было основано в 17 веке. На территории некрополя расположен красивейший архитектурный памятник начала 20 века: надгробие-часовня на могиле протоирея Александра Колычева, бывшего первым настоятелем Спасо-Преображенского храма в селе Богородское. Часовня была построена по его завещанию на сбереженные при жизни деньги. В конце 90 годов часовня была полностью отреставрирована на пожертвования, собранные прихожанами храма.
В 1902 г. Богородское кладбище вошло в черту Москвы.
На месте погребения первого настоятеля храма Спаса-Преображения в Богородском, протоиерея А. Т. Колычева (1857—1907) построена каменная часовня в стиле «модерн».
На землях, занимаемых кладбищем, в конце 19 века была возведена церковь в честь Спаса Преображения. Здание было построено из дерева. Позже были достроены северный и южный приделы к храму. На сегодняшний день это единственный деревянный храм в Москве.
В конце 1990 года на Богородском кладбище были проведены реставрационные работы.
В 1992 году около деревни Тимохово, Ногинского района Московской области, было открыто Новое Богородское кладбище. На этом кладбище покоятся неопознанные тела солдат, погибших в Чечне.